学院设有办公室、分工会、教学委员会、学术委员会等机构，进行有效运转。按照课程设置六个教研室，即习近平新时代中国特色社会主义思想概论、思想道德与法治、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、形势与政策、心理健康教育、就业与创业。同时还设有两个校级研究中心（水文化研究中心、职业核心能力研究中心）、1个福建省高校哲学社会科学优秀讲坛（上善若水讲坛）、1个福建省高校中华优秀传统文化教育基地（大禹文化教育基地）和1个福建省高校马克思主义理论读书社（习近平新时代中国特色社会主义思想读书社）。1个名师工作室。